Nach der Anime-Serie Puella Magi Madoka Magica und dem Folgefilm Madoka Magica: Rebellion geht die Magical-Girl-Saga in die nächste Runde. Nachdem Homura Madoka in ihrer Göttinnenform aus dem Himmel gerissen und einen Teil ihrer Kräfte gestohlen hat, um das Universum nach ihren eigenen Vorstellungen neu zu gestalten, stellt sich die Frage: Ist Madoka in dieser neuen Welt wirklich glücklich? Und wie werden die anderen Magical Girls auf Homuras Entscheidung reagieren?