Obwohl sie von der Gesellschaft geächtet werden, bildet Professor Xavier willige Mutanten aus, ihre Superkärfte in den Dienst der Menschheit zu stellen. Doch die Feinde sind nicht weit: Ein machtgieriger Populisten-Politiker macht Front gegen die X-Men, und Xaviers einstiger Weggefährte Magneto, der mächtigste Mutant der Welt, will mit seiner Brotherhood of Mutants das Ende der Zivilisation herbeiführen. In einer futuristischen Welt voller Vorurteile gelten Mutanten als gefährliche Andersartige. Aus Angst vor ihren übermenschlichen Fähigkeiten will US-Senator Robert Kelly sie daher allesamt registrieren und am liebsten verbannen lassen. Dieser Plan kommt dem verbitterten Mutanten Magneto gerade recht, der sich mit seinen Helfern auf den finalen Kampf um die Weltherrschaft vorbereitet. Ein Krieg, den die Menschheit eigentlich nur mit Hilfe von Professor Xavier und dessen "guten" Mutanten, genannt "X-Men", gewinnen kann... Spektakuläre Verfilmung des legendären Superhelden-Comics aus dem Jahr 1963: Obwohl Mutanten in der Welt der Zukunft eigentlich unerwünscht sind, muss eine Gruppe von "guten" Mutanten unter der Führung von Professor Xavier die Welt vor dem bösen Mutanten Magneto und seinen Spießgesellen retten.