Die "Men in Black" gehören einer Geheimorganisation an, die die Aktivitäten legaler und illegaler Aliens in den USA kontrollieren. Nach dem Ausscheiden seines altgedienten Kollegen findet der erfahrene MIB K in dem jungen Cop J einen idealen neuen Partner. Der hat gleich alle Hände voll zu tun, denn ein in die Haut eines Farmers geschlüpfter Außerirdischer will in New York die Weltherrschaft an sich reißen.