Die Spy Kids haben wieder alle Hände voll zu tun - nicht nur mit der Konkurrenz der unerträglichen Geschwister Gary und Gerti Giggles. Ein sogenannter "Transmooker" droht, die Welt zu zerstören. Dieser befindet sich auf einer geheimnisvollen Insel, auf der die Kids zunächst unter anderem auf den Genetikwissenschaftler Romero treffen, der Mini-Zoos für Kinder entwickeln will.