Shinobi bedeutet Ninja. Doch die sind in einer vereinten Welt obsolet geworden. In einem Duell sollen sie sich gegenseitig vernichten. Auch die heimlich ineinander verliebten Gennosuke Kouga und Oboro Iga, die verfeindeten Clans angehören, sollen gegeneinander antreten. Gennosuke versucht dem Kampf aus zu weichen. Doch es gibt kein Entrinnen.