Hacker Neo und den Rebellenführern bleiben noch 72 Stunden, bis Zion von feindlichen Maschinen entdeckt und samt seiner Bewohner zerstört wird. Im Kampf gegen die Herrschaft der Maschinen, die den Fortschritt ebenso mitgemacht haben wie der hundertfach geklonte Agent Smith, muss Neo außerdem noch die schöne Trinity retten.