Als es einem Hacker gelingt, mehrere als Beamte tätige Cyborgs zu beeinflussen, wird die Sektion 9 des Innenministeriums eingeschaltet. Motoko Kusanagi, die als Cyborg selbst kaum noch menschliche Elemente besitzt, findet heraus, dass der Puppet Master genannte Hacker völlig körperlos ist und nicht, wie andere Cyborgs, einen menschlichen Wesenskern in einer weitgehend künstlichen Hülle besitzt. Außerdem scheint der Puppet Master die Hacks bewusst vorgenommen zu haben, um Motoko auf sich aufmerksam zu machen.