G.I. Joe ("Global Integrated Joint Operating Entity") ist eine ausgebildete Spezialeinheit, in geheimer Mission arbeitend, um gegen herrschsüchtige Bösewichte vorzugehen. Ihr Auftrag führt sie in die Wüste Ägyptens und unter polare Eisklappen, um den Waffenhändler Destro zu bezwingen. Dieser wird mit seiner geheimen Cobra-Organisation und deren neuartigen, gefährlichen Waffen zu einer Bedrohung für die ganze Welt. Doch auch G.I. Joe ist mit hoch entwickelter Spionage- und Militär-Technologie ausgerüstet. Ein gnadenloser Kampf zwischen Gut und Böse beginnt.