Die Agenten J (Will Smith) und K (Tommy Le Jones) kehren zurück… und zwar gerade noch rechtzeitig. Denn in den 15 Jahren, die J bereits bei den Men in Black war, hat er zwar schon so einige unerklärliche Dinge gesehen, aber nichts, nicht einmal die Aliens, macht ihn regelmäßig so perplex wie sein ironischer und wortkarger Partner. Doch als K's Leben und das Schicksal des ganzen Planeten auf dem Spiel stehen, muss Agent J eine Zeitreise in die Vergangenheit unternehmen, um alles wieder einzurenken. Dabei findet J heraus, dass es im Universum Geheimnisse gibt, in die K ihn nie eingeweiht hat – Geheimnisse, die sich ihm offenbaren, als er sich mit dem jungen Agenten K (Josh Brolin) zusammentut, um das Leben seines Partners, die Agentur und die Zukunft der ganzen Menschheit zu retten.